为协调祖庙与政府的关系，并做好景区管理工作，1997年，湄洲妈祖祖庙景区管理处成立，隶属湄洲岛国家旅游度假区管委会，系国家三类事业单位；但其成员基本上是董事会成员。至此，湄洲妈祖祖庙采取一套班子，两块牌子的方式，弘扬妈祖文化。
在祖庙董事会全体员工的不断努力下，在各级政府单位的大力支持下，祖庙获得了世界、全国、以及省市各级多项荣誉。
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